На это раз команда "Звездных врат" под руководством полковника О`Нилла будет продолжать сражаться с самым агрессивным и беспощадным своим противником - расой Гоа’улдами, которую возглавил сын Апофиса — Корел, а так же помогать и изучать другие дружественные расы и планеты..

Своими поисками команда "Звездных врат" умудряется найти, как новых врагов, так и новых союзников. На этот раз придется вести тонкую дипломатическую игру и победить в ней коварную расу гоа’улдов. Ведь они поставили условие - либо вторжение на Землю, либо все звездные врата на Земле должны быть уничтожены...

Репликаторы - новая угроза на которую набрела команда SG-1. Их трудно остановить и убить - и они очень агрессивны. Гоа’улды тоже не дают землянам расслабиться, придумывая все новые хитрости и пакости. В общем скучать не придется..

Взрывная волна отбросила корабль SG-1, «позаимствованный» у Хроноса, в другую галактику, на расстояние четырех миллионов световых лет от Земли. В компании с ними оказался и флагман Апофиса. Только гоа’улд навел орудия и вознамерился в упор расстрелять, поврежденный при взрыве корабль SG-1, как его внезапно атаковало незнакомое судно.. Таково начало 5 сезона

SG-1 - это уже опытная и проверенная в межпланетных испытаниях команда, которая не раз выходила победителем из разных критических ситуаций, но и им не удалось избежать плена гоа’улдов... А еще им престоит раскрыть их тайные проекты на Земле и найти новые технологии...

Тил'к и Картер отправляются на поиски Азгардов для спасения О`Нила. Дэниэл и Доктор Уир (временный руководитель комплекса SGC) участвуют в сложных переговорах с гоа’улдами. Азгарды вновь столкнулись со своим старым врагом — репликаторами и теперь они вновь нуждаются в помощи команды SG-1. Переговоры с гоа’улдами заходят в тупик, но у Доктора Уир есть ещё козыри...

Назначенный возглавить SG-1 подполковник Камерон Митчелл с удивлением узнает, что все ее прежние члены получили новые назначения, и ему придется собрать новую команду. В это время на Землю прибывает Вала Мал Доран с каменной скрижалью, открывающий путь к сокровищнице Древних. Скрижаль подписана Мерлиным — одним из Древних, вернувшихся с Атлантиса на Землю...

В поисках Святого Грааля, о местонахождении которого Джексон вычитал в одной из книг Камелота, SG-1 отправляются на планету Вагонбрей, а попадают в настоящее сонное царство. Все жители, похоже, уснули в своих постелях и никогда не проснулись. Постепенно и земляне начинают чувствовать непреодолимое желание погрузиться в сон. А в это время Вала в SGC пытается доказать свое право и желание войти в команду SG-1....

Экспедиция под командованием доктора Элизабет Вейр отправляется в город Древних, Атлантиду. Они достаточно быстро попадают в серьёзную переделку и вынуждены искать союзников в этом новом мире, однако вместе с ними они находят и новых врагов — Рейфов. Отрезанной от Земли экспедиции нужно попытаться своими силами разобраться с технологиями Древних и найти способ победить рейфов.

События этого сезона начались с того момента, где закончился первый сезон. Атлантиде удалось избежать уничтожения города рейфами и заставить их поверить в уничтожение города. Также членам экспедиции удаётся наладить периодическую связь с Землёй благодаря новому линейному крейсеру Земли, Дедалу, и новому МНТ.